La position du Burundi au centre de l'Afrique, sa topographie, son territoire combinant à la fois des terres fermes, des terres aquatiques et une diversité des conditions éco-climatiques confèrent au Burundi une grande richesse d'espèces végétales et animales et d'écosystèmes naturels diversifiés.

Situé au cœur de l'Afrique, le Burundi est soumis à des influences phytogéographiques diverses. En effet, ce pays est d'abord coincé entre les domaines oriental et zambézien de la région soudano-zambézienne.

Le domaine oriental ou tanzanien regroupe les formations de l'Imbo dans la région de la plaine de la Rusizi et la plaine côtière du lac Tanganyika jusqu'au Nord de Rumonge, les formations du Burundi central dans la région du plateau central et, enfin, les formations du Bugesera au Nord-Est du pays.

Le domaine zambézien occupe la partie Sud-Ouest, partant de Rumonge jusqu'à Nyanza-Lac. Il remonte ensuite vers le Nord contre la frontière tanzanienne jusqu'à l'extrême Nord du Kumoso-Buyogoma. C'est le domaine des forêts claires (forêts tropophiles) du type miombo et des savanes.

Le Burundi est aussi marqué par des influences guinéo-congolaises avec la formation périguinéenne de la plaine côtière du lac Tanganyika au sud de Rumonge à Kigwena ; ses hauts sommets font partie de la région afro-montagnarde. Cette dernière comprend la forêt ombrophile de montagne abritant une riche diversité biologique dont beaucoup d'espèces endémiques pour le Burundi.